To Τμήμα Θεολογίας προσφέρει δύο Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) και ένα αγγλόφωνο Διατμηματικό Πρόγραμμά Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) σε συνεργασία με το Τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας και Θρησκειολογίας της Θεολογικής Σχολής του Ε.Κ.Π.Α.